Medicamentos são todos os produtos farmacêuticos, tecnicamente obtidos ou elaborados, com finalidades profiláticas, curativas, paliativas ou para fins de diagnósticos. No INCQS, constituem a área de preocupação sanitária mais antiga, juntamente com os alimentos. No Brasil, seu controle se tornou mais necessário após três momentos históricos: a partir da Segunda Guerra Mundial, quando houve um grande avanço mundial na área; na década de 1970, quando o país começa a buscar a autossuficiência em medicamentos; e com a implantação dos genéricos, ocorrida em 1999.

Os medicamentos recebidos pelo NT/MED são monitorados desde o seu recebimento, passando-se para a análise de sua embalagem, até a avaliação de seu princípio ativo, seguindo o conjunto de normas dos compêndios oficiais, como a Farmacopeia Brasileira, código farmacêutico oficial do país, que estabelece a qualidade dos medicamentos aqui em uso. Tal controle não abarca somente as drogas industrializadas, mas também aquelas produzidas em farmácias de manipulação. Qualquer falsificação ou alteração feita nesses produtos é considerada crime grave, pois põe a vida daqueles que os consomem em risco direto.

O NT/MED trabalha em cooperação direta com a Agência Nacional de Vigilância Sanitária (Anvisa), com os Laboratórios Centrais de Saúde Pública (Lacens) e as Vigilâncias Sanitárias estaduais e municipais, bem como com denúncias do Ministério Público. Participa de programas de monitoramento, a exemplo do Programa Nacional de Verificação da Qualidade de Medicamentos (Proveme) e do Programa de Farmácia Popular.  É pré-qualificado pela Organização Mundial de Saúde (OMS) nas Boas Práticas da OMS para Laboratórios de Controle de Qualidade de Produtos farmacêuticos, e realiza análises de controles de produtos utilizados nos programas da Organização Pan-americana de Saúde (Opas) e Farmacopeia Americana, bem como atende solicitações de análises de medicamentos de outros países e organismos internacionais. 

Além da rotina do recebimento e controle das amostras, o NT/MED participa e organiza cursos, congressos, oficinas e encontros. Também coordena programas de medicamentos, além de estar presente em reuniões na Anvisa e Opas.