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A estrutura do INCQS é matricial: as amostras são distribuídas por diferentes Núcleos Técnicos (NTs), que as encaminham aos laboratórios dos departamentos técnico-científicos, de acordo com as análises a serem realizadas.
Núcleos Técnicos:
NT-SAN - Núcleo Técnico de Saneantes
NT-MED - Núcleo Técnico de Medicamentos
NT-SH - Núcleo Técnico de Sangue e Hemoderivados
NT-AD - Núcleo Técnico de Artigos de Diálise
NT-PB - Núcleo Técnico de Produtos Biológicos
NT-COS - Núcleo Técnico de Cosméticos
NT-AL - Núcleo Técnico de Alimentos
NT-AMB - Núcleo Técnico de Saúde Ambiental
NT-CRID - Núcleo Técnico de Conjuntos, Reagentes e Insumos Diagnósticos
NT-AS - Núcleo Técnico Artigos de Saúde
NT-REG PROD BIOL - Núcleo Técnico de Registro de Produtos Biológicos